Ridom Typer (Ridom SeqSphere+)软件全基因组数据分析功能：

序列分析

支持导入及分析多种 NGS 测序平台数据和 Sanger DNA 序列数据。 使用整合的Velvet、SKESA、SPAdes、Flye或Raven（后者需结合Medaka v2及我们专有的ONT-cgMLST-Polisher；J Clin Microbiol. 63: 待出版, 2025）和 BWA 算法组装原始 reads（FASTQ）。读取并分析拼接文件（ACE、BAM、FASTA）。通过 Mash Screen 检查种间污染。

自动化序列分析流程

定义自动分析流程脚本，批量自动化进行质控、导入、拼接和分型数百个 NGS 数据，如当测序仪生成数据后可立即从测序仪获取原始 reads 数据并自动启动分析流程。

细菌表征

通过 Mash Distance 和 FastANI 鉴定细菌种类。使用定义的数据质控参数自动进行细菌分型，实现基于核心基因组和/或附属基因组水平的 WGS 数据的等位基因和 SNP 分析。可选用公共分型方案或使用内置的 cgMLST Target Definer 自定义基因组分型方案。使用 NCBI AMRFinder 预测抗菌药物耐药性（AMR）。支持沙门氏菌、大肠杆菌和单核细胞增生李斯特菌的基因血清分型分析。通过 MOB-suite 和 MobileElement-Finder 进行质粒重建与表征。

数据库功能

从存储在数据库中的实验，流行病学信息和 DNA 序列数据中导入、查询、检索数据或导出报告。数据库信息字段符合 EBI ENA 数据库 meta 数据要求。可用新序列条目与存储在数据库中的数据进行比较。自动获取克隆及/或质粒爆发簇警报（Microbiol Spectr. 12: e0210024, 2024）。管理和备份所有的序列数据和流行病学数据。可以从 NCBI Genome 下载完整基因组/基因组草图或 SRA 数据。可在软件内将原始 reads 数据和流行病学数据一键提交至 EBI ENA 数据库。

数据库功能

使用内置的 GIS, epi-curve，进化树功能，从地点、时间、人和型别四维度（4D）可视化展示分型结果（图3），所有维度视图相互链接，到处可用于发表的数据格式（SVG 和 EMF）。可将树的颜色，拓扑结构以及对应的样本存储在聚类快照中。查找组特异性的 SNP 位点，如用于设计爆发菌株特异性的 PCR 筛选实验。

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